Initiativet til at etablere museet kom fra Stavanger rederiforening, Stavanger søemandsforening og Stavanger museum. Det åbnede i 1926. I 1985 flyttede Stavanger maritime museum til sin nuværende placering i 200 år gamle pakhuse og købmandsbygninger ved Strandgaten 17-19 i Vågen, kajen i Stavangers centrum.
Foyeren, der også fungerer som café og museumsbutik, ligger i gadeplan og har store vinduer ud mod havnen med fodgængere, svaner, havet og fiskemarkedet lige udenfor.