La iniciativa de crear el museo partió del Stavanger rederiforening, el Stavanger søemandsforening y el museo de Stavanger. Se inauguró en 1926. En 1985, el Museo Marítimo de Stavanger se trasladó a su ubicación actual, en unos almacenes y edificios mercantiles de 200 años de antigüedad situados frente al mar, en Strandgaten 17-19, en Vågen, el muelle del centro de la ciudad de Stavanger.
El vestíbulo, que también funciona como cafetería y tienda del museo, está a nivel de calle y tiene grandes ventanales que dan al puerto, con peatones, cisnes, el mar y el mercado de pescado justo fuera.