L'iniziativa di istituire il museo è stata presa da Stavanger rederiforening, Stavanger søemandsforening e Stavanger museum. Il museo è stato inaugurato nel 1926. Nel 1985 il museo marittimo di Stavanger si è trasferito nella sua sede attuale, in magazzini ed edifici mercantili risalenti a 200 anni fa, in Strandgaten 17-19 a Vågen, il molo nel centro della città di Stavanger.
Il foyer, che funge anche da caffetteria e negozio del museo, è a livello della strada e ha grandi finestre che si affacciano sul porto, con pedoni, cigni, il mare e il mercato del pesce appena fuori.