Initiativet till museet kom från Stavanger rederiforening, Stavanger søemandsforening och Stavanger museum. Museet öppnade 1926. År 1985 flyttade Stavangers sjöfartsmuseum till sin nuvarande plats i 200 år gamla lager- och handelsbyggnader vid Strandgaten 17-19 i Vågen, kajen i Stavangers stadskärna.
Foajén, som också fungerar som café och museibutik, ligger på gatunivå och har stora fönster som vetter mot hamnen, med fotgängare, svanar, havet och fiskmarknaden precis utanför.